Zanim przejdę do opisu samego kościoła, kilka słów należy się architektowi i historykowi sztuki Antonio   Muñozowi, który żył w pierwszej połowie XX wieku i był szefem departamentu do spraw kultury w faszystowskim rządzie Benita Mussoliniego. To on w znaczący sposób przyczynił się do przywrócenia niektórym rzymskim kościołom ich pierwotnego oblicza (Santa Sabina, Santi Quattro Coronati, San Giorgio in Velabro). Podczas tej operacji zniszczono wszelkie naleciałości nagromadzone przez stulecia, szczególnie te barokowe, dochodząc do tkanki najbardziej pierwotnej – w przypadku kościoła świętej Balbiny – średniowiecznej. Antyczne marmurowe inkrustacje zniknęły z niego już wcześniej w zawierusze dziejów. Można zapytać, skąd mamy pewność, że w ogóle istniały. Dowodzą tego pozostałości innych kościołów z tamtego czasu (Sant’Andrea Catabarbara). Zasługą Muñoza było też „otworzenie” istniejących w świątyni, do tej pory częściowo zamurowanych, okien i ozdobienie ich charakterystycznymi dla tego architekta maswerkami w formie kratownicy. W posadzce umieścił on natomiast kilka antycznych, inkrustowanych płyt i mozaik, które odkryto podczas prowadzonej w tym czasie budowy nowej arterii miejskiej – via dei Fori Imperiali.

Jednonawowa hala, którą zaadaptowano na kościół, powstała na zboczu Małego Awentynu w IV wieku i stanowiła część wzniesionej dwa wieki wcześniej miejskiej willi konsula rzymskiego i prefekta miasta Luciusa Fabiusa Cilo. Co działo się z kompleksem do końca VI wieku – nie wiemy. Natomiast w dokumencie kościelnym z tego czasu (sprawozdanie z synodu z 595 roku) znajdziemy informację o tzw. titulus sanctae Balbinae, czyli kościele pod wezwaniem św. Balbiny. Wśród badaczy architektury wczesnochrześcijańskiej panuje przekonanie, że powstał on jako prywatna fundacja nieznanej bliżej Balbiny, której imię z czasem dało asumpt do stworzenia legendy o męczenniczce, uczynionej patronką tegoż przybytku. Mamy tu więc do czynienia z typowym dla praktyk Kościoła wczesnośredniowiecznego przeniesieniem imienia fundatora lub właściciela obiektu na patrona, którego historia musiała zostać dopiero wymyślona.

Dalsze losy świątyni są mało znane. Wiemy, że w IX wieku opiekowali się nią mnisi greccy rytu bizantyńskiego. Zamieszkali w znajdujących się obok budynkach klasztornych zaadoptowanych z antycznego kompleksu. Tych z kolei zastąpili w XI wieku benedyktyni, ale opuścili go najprawdopodobniej jeszcze w tym samym stuleciu. Wówczas miejsce to popadło w ruinę. Rozebrano marmurowe płyty, mozaiki zostały zalane. Zarówno kościół, jak i ufortyfikowany w międzyczasie klasztor stały na obszarze prawie zupełnie wyludnionym, wśród okalających je winnic i pustkowia. Nieopodal widniały jedynie ruiny term Karakali. Kolejni papieże ratowali obiekt, jego wnętrze dekorowano freskami, ale nic nie było w stanie uchronić go od powolnej dewastacji. Osamotnioną świątynią zainteresował się też bratanek papieża Pawła II – Marco Barbo, który pod koniec XV wieku odnowił dach kościoła – do dziś oglądać możemy jego drewnianą, otwartą konstrukcję, tak nietypową dla rzymskich budowli. W późniejszych czasach papieże co pewien czas przypominali sobie o zaniedbanym kościele. Papież Klemens VIII zapragnął nadać mu nowe oblicze w związku z Rokiem Jubileuszowym 1600, czego pozostałością jest widoczny w absydzie fresk przedstawiający Chrystusa w glorii, w otoczeniu aniołów i siedzących u jego stóp świętych – Balbiny, jej ojca Kwiryna (po prawej) oraz Felicissimusa. Po obydwu stronach absydy widnieją natomiast wizerunki świętych Piotra i Pawła. Fresk ten został namalowany w 1599 roku przez florenckiego malarza Anastasia Fontebuoniego, który odważył się na stworzenie dość nietypowego dla tego czasu wizerunku półnagiego, muskularnego Zbawiciela. Malowidło to zastąpiło pochodzące najpewniej z IX wieku mozaiki, które znamy jedynie z opisu. Przedstawiać miały   Chrystusa i apostołów po jego obu stronach.

Dzisiaj stajemy we wnętrzu, które wydaje się poranione i okaleczone. W odróżnieniu od chociażby bazyliki Santa Sabina nie emanuje ono mistyczną aurą, choć poczyniono wiele starań i rekonstrukcyjnych prób, aby przywrócić mu średniowieczny wygląd. Stąd wzięła się tu ustawiona na środku kościoła, pochodząca z XIII wieku, Schola Cantorum (miejsce dla średniowiecznych śpiewaków), którą na podstawie znikomych dowodów architektonicznych umieścił w tym miejscu Muñoz. Do czasów wczesnego średniowiecza przenosi nas również znajdujący się w absydzie tron biskupi zdobiony mozaiką w stylu Cosmatich. Choć mocno odrestaurowany, jest on reliktem pochodzącym zapewne z XIII wieku. Przed nim znajduje się sarkofag w formie starożytnej wanny z czerwonego jaspisu, w którym przechowywano czczone w tym przybytku relikwie świętych widniejących – jak wspominano – w absydzie (Balbiny, Kwiryna i Felicissimusa). 

W głębokich, naprzemiennie półokrągłych i prostokątnych niszach (po sześć z każdej strony), służących za kaplice, odsłonięto w czasie prac archeologicznych nakładające się na siebie malowidła – świadectwo kolejnych prób uświetnienia tego miejsca przez anonimowych artystów i fundatorów. Ich powtarzającym się tematem jest Madonna z Dzieciątkiem. I choć stan ich zachowania jest zły, należą do ciekawych przykładów sztuki średniowiecznej w Wiecznym Mieście.  

W pierwszej niszy po prawej stronie (od wejścia) zobaczymy czternastowieczny fresk ukazujący tronującą Madonnę z Dzieciątkiem między czterema świętymi postaciami. Niestety, został on znacząco uszkodzony przez wybicie w ich środku drzwi (teraz ponownie zamurowane). W kolejnej (czwarta od wejścia) dojrzymy natomiast piękny, wykonany w marmurze, relief ukazujący scenę Ukrzyżowania ze stojącymi pod krzyżem postaciami Marii i św. Jana. Powstał on w 1460 roku i przypisywany jest znaczącym artystom tego czasu – Mino de Fiesole i Giovanniemu Dalmacie. Co ciekawe, płyta ta znajdowała się w starej bazylice konstantyńskiej (San Pietro in Vaticano), gdzie dekorowała nagrobek papieża Pawła II. Z czasem papieski sarkofag znalazł się Grotach Watykańskich, a zdobiący go relief został przeniesiony tutaj, zapewne ze względu na opiekuna kościoła i papieskiego bratanka – kardynała Marca Barbo. Natomiast w szóstej niszy po lewej (od wejścia) zachowały się ledwie widoczne freski, w których rozpoznać możemy pojedyncze postacie i resztkę fryzu ze sceną Ukrzyżowania św. Piotra (do góry nogami), i tylko domyślać się możemy, że kiedyś kaplica ta poświęcona była świętemu apostołowi. Natomiast jej ścianę boczną dekoruje scena o podobnej tematyce – jest nią Ukrzyżowanie Chrystusa z towarzyszącymi mu świętymi: Marią i Janem Ewangelistą. Trzecia nisza po lewej to zapewne najlepiej zachowana z wszystkich kaplic. Zdobi ją dwunastowieczny fresk ukazujący ponownie Madonnę z Dzieciątkiem tronującą między świętymi postaciami. Natomiast widniejące nad tą sceną tondo, ukazujące oblicze Chrystusa, przypisywane jest anonimowemu mistrzowi ze szkoły Pietra Cavalliniego.

Gdy będziemy wychodzić z kościoła, naszą uwagę zwróci obiekt szczególnej urody – grobowiec papieskiego kapelana Stefana de Surdisa z początku XIV wieku, wykonany przez Giovanniego di Cosmę, o czym powiadamia nas inskrypcja. Ten średniowieczny sarkofag zdobiony mozaikami w stylu Cosmatich początkowo znajdował się również w starej bazylice San Pietro in Vaticano i został tu przeniesiony w momencie jej przebudowy w XVI stuleciu.

W połowie XIX wieku powiększono znajdujące się obok kościoła zabudowania klasztorne, w których ulokowano zakład poprawczy dla młodocianych przestępców. Pod koniec tegoż wieku powstał tu sierociniec. Dziś budynki nadal służą celom socjalnym. Nie budzą zachwytu, ale warto je obejrzeć, tym bardziej że często główne wejście jest zamknięte, a boczne znajduje się w górnym rogu świątyni i można do niej wejść (choć też nie zawsze) właśnie tamtędy. Wtedy będziemy mieli sposobność obejrzenia pozostałości ceglanych murów pamiętające jeszcze czasy antyku.

W kościele rzadko celebrowane są msze i trzeba mieć naprawdę dużo szczęścia, by się do niego dostać – ale warto. Tym bardziej że nie znajduje się on na szlaku turystycznym i możemy mieć prawie pewność, że – jeśli uda się nam w nim znaleźć – poczujemy jego wyjątkową atmosferę w całkowitej ciszy i samotności.